出崎統監督が、さいとう・たかをによる人気劇画を長編アニメ映画化。孤高の殺し屋、ゴルゴ13を待ち受ける巨大な罠を、当時まだ珍しかったCGをふんだんに駆使して描写。
石油王ドーソンの誕生パーティーで彼のひとり息子ロバートが何者かに狙撃されて命を落とす。息子の復讐を誓ったドーソンは、犯人のスナイパーが“ゴルゴ13”の異名で知られる殺し屋、デューク東郷であることを突き止める。そしてドーソンはその強大な権力を使い、CIA、FBI、米国防総省を手先にし、ゴルゴを偽の依頼でおびき寄せるとともに、強力な殺し屋コンビ、シルバーとゴールドにゴルゴを襲わせようと画策するが……。