『機動戦士Ζガンダム』の劇場化第一弾。宇宙世紀0087年。史上最強のニュータイプ、カミーユ・ビダンを主人公に新たな戦いが始まる。
人類が初めて経験した大規模な宇宙空間での戦争が、地球連邦政府とジオン公国のものだった。その最後の一年間は、人型の機動兵器、モビルスーツの実用期ともなった。あれから10年弱……。ユニバーサル・センチュリー0087(ダブルオーエイティセブン)。地球に住む人々とスペースコロニーに住む人々との確執はいまだくすぶり、人々の魂もいまだ地球の重力から解放されていなかった……。スペースコロニー、グリーン・ノア2に住む少年、カミーユ・ビダンは連邦軍軍人への反発から、新型モビルスーツ、ガンダムMk-IIを奪取。反地球連邦組織『エゥーゴ』へと身を投じる。ガンダムMk-IIを奪われた連邦軍のエリート組織『ティターンズ』は、カミーユの両親を人質にとるような卑劣な作戦を強行した。