士郎正宗の傑作SFコミックを鬼才・押井守監督がアニメ化し、たくさんの作品に影響を与えた要注目作。人体の機械化が進んだ未来社会で特殊部隊“攻殻機動隊”が活躍する。
2029年、人間の脳神経をコンピューターネットワークに直接つなぐことが可能になった社会。こうした人体の義体(サイボーグ)化の急速な進展に対応し、政府はひそかに非公然の特殊部隊である公安9課、通称“攻殻機動隊”を創設した。その隊長である草薙素子はあるとき、国際指名手配をされている正体不明のハッカーであり、テロリストでもある“人形使い”が日本に現われるという情報を得て、部下たちと捜査を開始するが……。