人気コミック原作で、小栗旬、菅田将暉、橋本環奈ら豪華俳優陣が共演したエンターテインメント大作の続編。真選組に内部抗争が勃発。その裏にある陰謀に銀時は立ち上がる。
なんでも屋の万事屋(よろずや)を営む、銀時、新八、神楽は、慢性的な金欠でキャバクラや理髪店でアルバイトを始めるが、なぜか先々でお忍びの将軍・徳川茂茂に出会い、3人は打ち首覚悟で接待するはめに。一方、真選組では局長・近藤の暗殺計画が進行し、副長の土方は何者かにチップを埋め込まれ、ヘタレな第2の人格に支配されて組を追われてしまう。組の危機を知った土方は、犬猿の仲の銀時に頭を下げて助力を乞うのだが……。